Por otra parte, la Conquista acentuó la dispersión de los naturales, por el consecuente descenso de la población como resultado de la guerra, el hambre y la explotación y, sobre todo, por las enfermedades; entre 1550 y 1605, por ejemplo, la población disminuyó de manera impresionante por epidemias.
En la sociedad colonial. hubo una marcada diferenciación por estamento. Cada grupo étnico de indios, españoles, negros y castas, estaba protegido por una legislación que dificultó una movilidad social y determinó su permanencia en estamentos específicos; los novohispanos tenían jurisdicciones especiales que reglamentaban desde su forma de vestir hasta sus derechos políticos.
En el siglo XVII se distinguía una dualidad, la del orden. La organización social y política dio sitio a la " república de españoles " y la " república de los indios "; para una y otra se aplicaban las disposiciones que tanto desde la metrópoli como desde los propios territorios americanos se dictaban, esto es, el llamado derecho indiano.
Excluidos del orden de " repúblicas ", mestizos, castas y negros vivieron cerca de o entre los blancos e indígenas. Legalmente no podían aspirar a puestos reconocidos como " honrosos ", pero al convivir con criollos -hijos de españoles nacidos en América- y españoles se asentaron en villas, ciudades o pueblos, trabajaron para ellos y alcanzaron a veces una situación jurídica mejor que la de los indios. Aun así, se les señaló como la " plebe " y, a excepción de los hijos legítimos de mestizos y mulatos, se les dificultó una movilidad social.